抗体分子重链或轻链各功能区(VH、CH、VL、CL)氨基酸组成和排列顺序有所不同，但其二级结构相似。以抗体轻链为例，其可变区和恒定区二级结构是由几股多肽链折叠形成的两个反向平行的 b片层(antip—arallel b sheet)通过两者间一个链内二硫键垂直连接形成的一个构象稳定的 “b桶状”(b—barrel)结构。
 

　　抗体轻链有 VL和 CL两个功能区；IgG、IgA和 IgD的重链有 VH、CH1、CH2和 CH3四个功能区;IgM和IgE的重链有5个功能区，即比 IgG、IgA和IgD多一个 CH4功能区。
 

　　各功能区的主要作用如下：
 

　　① VH和 VL中的 HVR(CDR)是与抗原表位特异性结合的区域；
 

　　② CH和 CL具有抗体同种异型遗传标志；
 

　　③ IgG的 CH2和 IgM的 CH3具有补体 C1q结合点，可参与补体经典途径的激活；
 

　　④ IgG的 CH2可介导 IgG通过胎盘；
 

　　⑤ IgG的 CH3和 IgE的 CH2/CH3能与具有相应 Fc受体的吞噬细胞、NK细胞、肥大细胞和嗜碱性粒细胞结合，介导产生各种不同的生物学效应。